MarkLogic (я там работаю) предлагает собственную базу данных XML, которая обеспечивает поддержку XML-схемы - масштаб, производительность, готовность для предприятия.Это не написано на Java: developer.marklogic.com/products
eXist - это база данных XML с открытым исходным кодом, написанная на Java.Тем не менее, я не знаю степень поддержки схемы XML: exist.sourceforge.net/