Да, вам нужно будет прочитать записи из вашей очереди и сохранить в базе данных. Обычно вы можете сделать это с помощью службы Windows.
Как правило, вам нужно использовать MSMQ только в том случае, если между двумя местоположениями может быть прерывистое сетевое соединение или вы думаете, что количество запросов превышает то, что база данных может обработать за один раз. В противном случае просто храните прямо в базе данных.