Начиная с версии 3, я считаю, что теперь возможно создавать отдельные экземпляры базы данных, и, следовательно, их расположение немного отличается.
Ссылаясь на: https://neo4j.com/developer/guide-import-csv/
Очевидно, что --into retail.db - это целевая база данных, которая не должна содержать существующую базу данных.
На моем Ubuntu box находится:
/var/lib/neo4j/data/databases
где я сейчас вижу только graph.db
, который, по моему мнению, должен быть по умолчанию.