Они на самом деле две совершенно разные вещи и служат разным целям.
Возможно, вы захотите вернуть Dictionary<int,int>, если вы пытаетесь вернуть отображение из одного целого числа в другие значения одного целого.
Если, однако, вы возвращаете несколько «списков» целочисленных значений, тогда будет уместен неровный массив. В этом случае вам будет возвращен массив массивов целых чисел: в основном, несколько коллекций числовых значений.