Ну, получается, что код, который я написал, в порядке, за исключением 2 незначительных изменений, это должно быть
console = new MessageConsole("myconsole", null);
console.activate();
ConsolePlugin.getDefault().getConsoleManager().addConsoles(new IConsole[]{ console });
IPath path = Path.fromOSString(filePath);
IFile file = ResourcesPlugin.getWorkspace().getRoot().getFileForLocation(path);
FileLink fileLink = new FileLink(file, null, -1, -1, -1);
console.addHyperlink(fileLink, 10, 5);
Я был немного удивлен, что нужно было указать смещение (10), которое отсчитывается с начала вывода на консоль. Зачем тебе даже это вычислять, но это другое обсуждение.