Класс spListItem имеет объект версии, который содержит все версии объекта. Каждый SPListItemVersion имеет свойство VersionID.
Item.UniqueID уникально идентифицирует каждый элемент списка. SharePoint не считает каждую версию этого элемента списка отдельной от элемента. Так что есть вероятность, что UniqueID в порядке.