Если вы создали эти проекты в существующем клоне / репозитории, интеграция NetBeans / Mercurial уже будет иметь хорошее представление о том, что включать или игнорировать.
NetBeans автоматически включает файлы в nbproject, которые считаются независимыми от среды. Файлы, содержащие зависимости от среды (например, пути к каталогам), обычно помещаются в каталог nbproject / private. Возможно, вам не нужно сохранять их в репозитории.
Возможно, вы захотите исключить nbproject / build-impl.xml ... он генерируется при открытии проекта ... Но, если у вас его нет в репозитории, вы столкнетесь с проблемами, если попытаетесь постройте проект с помощью ant, независимого от IDE.