Создайте папку bin на своем сайте и скопируйте ее туда. WebMatrix не предоставляет способ добавлять ссылки так же, как VS. Вам нужно добавить оператор использования вверху файла CSHTML:
@using MyThirdParty.Component;
Нет, вы не упустили момент. Я вижу пользователей WebMatrix, желающих поиграть с iTextSharp или аналогичными.