Может быть, следующее не слишком больно. Найдите все файлы в папке (с помощью *), затем удалите все папки .svn (но только переместите их в корзину). затем удалите оставшиеся файлы (по-настоящему). Восстановите папки .svn из корзины ...
Редактировать: Если вам приходится делать это часто, вам, вероятно, следует написать какой-нибудь скрипт, который сделает эту работу ...