Я не могу найти ссылку на LT_VERSION в дереве исходных текстов libtool (есть LTVERSION,
и LTOBSOLETE_VERSION), поэтому я предполагаю, что строка в вашем configure.in (которую следует переименовать в configure.ac) является частной строкой, а не чем-то, используемым libtool. В этом случае вам нужно сделать 2 вещи. Во-первых, вы должны изменить имя, так как вы топаете пространство имен libtool, и кажется, что LT_VERSION используется libtool (на самом деле это похоже на макрос m4, предоставляемый libtool, и поэтому присвоение ему действительно странно). Во-вторых, вы должны использовать m4_pattern_allow. (См. Документацию autoconf.) Другими словами, поместите это в файл configure.ac:
.
m4_pattern_allow([LT_VERSION])
Это подавит предупреждение.