Удалите elements
часть вашего запроса:
<query name="Nutrient.findNutrients1">
<![CDATA[from Nutrient as nutrient where nutrient.id in (:ids)]]>
</query>
И вызвать его так:
List<Long> vals = Arrays.asList(1L, 2L);
Query q = session.getNamedQuery("Nutrient.findNutrients1");
q.setParameterList("ids", vals);
List<Nutrient> result = q.list();