Чтобы ответить на мой собственный вопрос - да, вы можете отправить PDF-файл приложениям, поддерживающим пользовательскую схему URL, используя следующую строку:
[[UIApplication sharedApplication] openURL:[NSURL URLWithString:url]];
Схема URL для GoodReader:
url=@"ghttp://www.mysite.com/myfile.pdf";
iAnnotatePDF:
url=@"pdfs://www.mysite.com/myfile.pdf";
Кто-нибудь знает схему пользовательских URL для iBooks?