Да, инструментарий, такой как GTK + и Qt, все еще построен на Xlib. Миграция на xcb выполняется, но далеко не завершена и не универсальна. Хотя приложения действительно должны писать в API инструментария, а не в Xlib.
Кстати, вы также можете найти документы Xlib непосредственно из источника в X.Org: http://www.x.org/releases/current/doc/