Я часто обращаюсь к файлам Excel через python и xlrd, python и COM-объект Excel. Для этой работы xlrd не будет работать, потому что он не поддерживает формат xlsx. Но независимо от того, оба подхода являются излишними для того, что вы ищете. Простые формулы Excel доставят то, что вы хотите, в частности VLOOKUP.
VLOOKUP "ищет значение в крайнем левом столбце таблицы, а затем возвращает значение в той же строке из указанного вами столбца".
Несколько советов по VLOOKUP. Во-первых, если вы хотите сопоставить несколько ячеек, создайте «ключевую» ячейку, которая объединяет интересующие вас ячейки (в обеих книгах). Во-вторых, убедитесь, что последний аргумент VLOOKUP задан как FALSE, потому что вам нужны только точные совпадения.
Что касается производительности, формулы Excel часто бывают очень быстрыми.
Прочтите файл справки на VLOOKUP и задайте дополнительные вопросы здесь.
Позднее редактирование (из ответа Марка Бейкера): теперь для xlsx есть решение на python. Openpyxl был создан в этом году Эриком Газони для чтения и записи в формате xlsx в Excel.