В вашем вопросе нет ничего, что помешало бы вам определить подкаталог как новое веб-приложение в IIS, что позволит вам создать новый global.asax / web.config. Просто помните, что конфигурация web.config наследуется по умолчанию, и вам нужно удалить все обработчики, добавленные вашим родительским сайтом, но вашего дочернего сайта нет.