Я не знаю, работает ли это, но попробуйте модуль psutil, который должен работать как в Windows, так и в Unix.
import os, psutil
ownPid = os.getpid() #This one works in Windows, but os.getuid() does not...
ownUid = [p.uid for p in psutil.process_iter()
if p.pid == ownPid][0]