Автоматически сгенерированные файлы не добавляются в проект автоматически и поэтому не компилируются.Вы видите их в IDE, потому что они лежат в той же папке (папках), что и файлы вашего проекта.
Единственное препятствие при перезаписи существующего файла проекта новым автоматически сгенерированным содержимым состоит в том, что если вы используетеСистема контроля версий, эти файлы будут доступны только для чтения.Перезапись их на этапе автоматической генерации может нарушить процесс управления исходным кодом.
Вы можете попробовать это:
MyProject/
MyWrapperFile.cpp <-- official project file
MyWrapperFile.cpp contents
#include "stdafx.h"
#include "_AutoGenFile1.cpp"
#include "_AutoGenFile2.cpp"
// etc.