Полагаю, это зависит от того, как Вы на них положитесь.
Вопрос в том, разрешите ли Вы себе использовать репозитории изнутри домена?
Если так - тогда Вы вынуждены их вставить.
Мне самому нравится размещать их вне домена. Итак - типичный жизненный цикл чего-то выглядит следующим образом =>
UI => Controller => получить агрегатный корень из репозитория => вызвать логику через агрегатный корень => если новый агрегатный корень создан, добавить его в репо.
Иногда контроллер вызывает службу приложения, которая делает некоторые дополнительные вещи, помимо простого извлечения root и вызова функции на нем. Но идея та же - домен ничего не знает о постоянстве.
Хотя (на мой взгляд) нет ничего плохого в том, чтобы размещать репозитории в домене (или, по крайней мере, их абстракции), это делает Ваш домен более осведомленным о постоянстве. Иногда это может решить проблемы, но в целом - это определенно сделает Ваш домен более сложным.
Используйте то, что кажется вам более естественным, и будьте готовы в любое время изменить ваши пути.