В цикле рендеринга для представления opengl вы очищаете альфа до 0.0?
glClearColor(0,0,0,0);
Кроме того, правильно ли вы установили непрозрачные и drawableProperties вида? Для прозрачного фона я использую:
yourlayer.opaque=NO;
yourlayer.drawableProperties = [NSDictionary dictionaryWithObjectsAndKeys:
[NSNumber numberWithBool:FALSE], kEAGLDrawablePropertyRetainedBacking, kEAGLColorFormatRGBA8, kEaglDrawablePropertyColorFormat, nil];