к сожалению, подстановка параметров DB-API ?
не работает с именем таблицы, именем столбца ... и это одинаково для всех API БД в python.
Подстановка параметров DB-API просто работает для значения, как в SELECT * FROM table WHERE id = ?
, поэтому вам придется выполнить форматирование строки или просто поместить таблицу имен непосредственно в строку.
query = "CREATE TABLE IF NOT EXISTS %s (uid INTEGER PRIMARY KEY, title TEXT NOT NULL, duedate INTEGER NOT NULL, description TEXT, archived INTEGER)" % table_name
conn.execute(query)