Да, атрибуты не могут содержать ничего, кроме констант, поэтому вы не можете использовать отражение, чтобы получить номер версии. Класс WebServiceAttribute также запечатан, поэтому вы не можете наследовать его и делать то, что вы хотите оттуда.
Решением может быть использование некоторого текста-заполнителя в качестве имени и настройка задачи MsBuild для замены его номером версии при создании проекта.