MPI на кластере PBS Hello World - PullRequest
Новая
       21

MPI на кластере PBS Hello World

0 голосов
/ 10 октября 2010

Я использую mpiexec для запуска нескольких исполняемых файлов hello world.Каждый из них запускается, но число процессов всегда равно 1, где должно быть 4 процесса.Кто-то понимает почему?Также я не уверен, почему stty дает мне неверный аргумент.Спасибо!

Вот вывод: 

   /bin/stty: standard input: invalid argument
   Hello world from process 0 of 1
   Hello world from process 0 of 1
   Hello world from process 0 of 1
   Hello world from process 0 of 1

Вот файл c: 

#include <stdio.h>
#include <mpi.h>

int main(int argc, char *argv[])
{
  int rank, size;
  MPI_Init (&argc, &argv);
  MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);
  MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &size);
  printf("Hello world from process %d of %d\n", rank, size);
  fflush(stdout);
  MPI_Finalize();
  return 0;
}

Вот скрипт отправки: 

#!/bin/bash

#PBS -N helloWorld
#PBS -l select=4:ncpus=2
#PBS -j oe
#PBS -o output
#PBS -l walltime=3:00
cd $PBS_O_WORKDIR


mpiexec ./helloWorld

1 Ответ

3 голосов
/ 10 октября 2010

Стивен:

Выше должно работать; похоже, что-то в этом направлении (PBS <-> библиотека MPI <-> mpiexec) неправильно настроено.

Первое, наиболее очевидное предположение - mpiexec - это та же самая программа запуска mpi, которая соответствует библиотеке, с которой вы скомпилировали? Если вы делаете which mpiexec в своем скрипте, получаете ли вы что-то, что соответствует which mpicc, когда вы компилируете программу? Вам нужно сделать что-то вроде «загрузки модуля [пакет mpi]» перед компиляцией?

Точно так же, как ваш mpiexec с поддержкой PBS? Если нет, вам может потребоваться как-то указать хост-файл ($ {PBS_NODEFILE}) и количество процессоров.

Какой MPI вы используете, и на какой системе вы работаете - это общедоступная система с документацией, на которую мы можем посмотреть?

...