Да, запутанная настройка.На самом деле это настройка линкера: линкер, отладка, создание файла базы данных программы.Имеет смысл, если вы подумаете об этом, только после компоновки все объектные файлы объединяются и могут быть созданы данные отладки.
Не уверен, почему вам придется переходить через этот обруч, настройки по умолчанию в конфигурации отладки обеспечиваютчто файл .pdb создан.Думаю, этого должно хватить для NCover.