Многое зависит от того, как вы проходите аутентификацию на компьютере с Windows, от того, какое сетевое отношение вы имеете к нему с вашего локального компьютера и компьютера с Unix, и от того, какой уровень разрешения вам потребуется для запуска задачи в удаленном пакетном файле.
Я могу сказать, что в Windows вы могли бы начать с создания сценария, в котором имя пользователя и пароль, необходимые для подключения к удаленному компьютеру, указывались в переменной, и в этом сценарии он подключался к компьютеру черезсеть и запустить пакет от имени этого пользователя.
Как вы подключитесь к удаленному серверу Windows?это в среде типа LAN или VPN, вы подключаетесь с помощью ssh или вы обычно подключаете его по сети?>