Полагаю, ваша проблема не в IE, а в производительности.
В моем IE 8 работал просто отлично, но довольно медленный и уродливый переход.В Chrome все было довольно плавно
Когда вы переходите на IE 7 или даже на 6, производительность должна замедляться, потому что большая анимация DIV требует больше от браузера.
Можете ли вы проверить это под IE 9?Или даже на IE 8 на машине с лучшим CPU + RAM?