Вы (вероятно) захотите использовать библиотеку SSH (я думаю, JSch популярен), чтобы создать ssh-соединение с машиной через код Java, а затем просто запустить скрипт, который вы хотите запуститьна машине, в которую вы ssh'd.Это предполагает, что скрипт, который вы хотите запустить, находится на удаленной машине.Если он локальный, я, вероятно, просто скопирую его перед запуском ... или перепишу скрипт для выполнения самого ssh-ing.