Не уверен, если у вас есть файл проекта MSBuild для генерации сборки. Если да, то это просто, создавая цель, которая зависит от всех других проектов, которые вам нужно построить. Например,
<Target Name="PostBuildProcessing" DependsOnTargets="<List of targets that are generating build>">
<Exec Command="<give your command here>" />
</Target>
DependsOnTarget должен быть целью (ами), на которой строится решение (или проекты).