Вам нужно только System.Data.SQLite.dll
.Вы можете сослаться на эту сборку в папке SharedLibs, и этого должно быть достаточно.sqlite3.dll
- это неуправляемый код, содержащий сам механизм обработки данных, и он встроен в качестве ресурса в управляемую сборку System.Data.SQLite
.Также из-за этого неуправляемого кода на самом деле есть две версии сборки System.Data.SQLite
: одна для x86 и одна для x64, поэтому убедитесь, что вы указали правильную версию для вашей системы.
Вы можете скачать эту сборку сздесь: http://sqlite.phxsoftware.com/