Прошло много времени с тех пор, как я использовал Eclipse для разработки на C, но я думаю, это то, что вы ищете:
Щелкните правой кнопкой мыши по своему проекту -> выберите свойства -> найдите сборку -> осмотрите команду, используемую для компиляции файлов, вы хотите настроить ее на использование MinGW.
Надеюсь, это поможет вам!