Вы можете заставить Mercurial игнорировать эти файлы, написав что-то вроде следующего в вашем файле .hgignore (который должен быть расположен на том же уровне, что и ваш каталог .hg):
# use glob syntax.
syntax: glob
*.pyc
После этого вы захотите удалить существующие .pyc файлы (используя команду hg rem).