Я не уверен на 100%, как работает java regex-engine, но я не могу себе представить, что сущность вызовет ваши проблемы. Сначала вы должны попытаться просто снять скобки, так как вы заменяете все выражение, а не извлекаете ничего.
Хотя это может быть причиной того, что ваша сущность фактически переведена на новую строку, может случиться так, что ваше регулярное выражение не поймает ее, если вы явно не выполняете многострочное сопоставление. Вы также можете попробовать сделать
[.\n]*
вместо вашего
.*
Хотя это может быть жадная заявка и обратный ход для того, с кем справиться. К сожалению, у меня нет java-программ, установленных на этой машине, поэтому я не могу попробовать и протестировать их. Еще одна возможность - активно искать следующую угловую скобку, например:
[^<]*
EDIT:
Как вы и предложили, я попробовал вашу ссылку, и следующее работало отлично:
Выражение:
<My:tag>[^<]*</My:tag>
Замена:
<My:tag> new_stuff </My:tag>
Тестовая строка:
<My:tag>value_1 22
value_2 54
value_3 11</My:tag>