aspnet MVC - это только одна часть вашей архитектуры - скорее всего, уровень web / UI. Как уже говорили другие, поскольку функция вашего приложения продвигает идею разделения, возможно, между альтернативами классического aspnet и aspnetmvc выбор должен быть mvc.
Вопрос может быть лучше сформулирован "какую технологию / структуру вы можете предложить? [Для x функциональности]". Если вы хотите воспользоваться преимуществами веб-приложения, я бы определенно предложил mvc over aspnet, но, возможно, веб-приложение - это не то, что вам нужно. Как сказал Борис, возможно, плагинный инструмент для среды разработки более уместен, так как, похоже, он даст пользователю лучший опыт - т.е. вместо того, чтобы пользователь собирал весь свой код и загружал его для анализа, нажатие одной кнопки в IDE делает все это менее болезненным, чем плагин. Кто знает?
Возможно, если есть необходимость в функции загрузки вне среды разработки, может быть оправдан подход с несколькими конечными точками. возможно, подключаемые модули могут подключаться к веб-сервису MVC, и то же приложение MVC может также предоставлять удобный интерфейс для загрузки, что сокращает двойную работу (DRY)? ..просто идеи