Редактировать : Я перепутал sqlite4java с пакетом sqliteJDBC. Поэтому приведенный ниже код не поможет. Тем не менее, я держу его для справки.
После того, как вы получили соединение, просто позвоните setAutoCommit(false)
java.sql.Connection con = DriverManager.getConnection("jdbc:sqlite:/your/db/file", "user", "password");
con.setAutoCommit(false);