Помогает ли ответ на этот вопрос ?
Например:
plot "./file.dat" u 1:2:2 with lines palette
, где file.dat содержит ваши данные, первый столбец - ось xа второй столбец - это ось y.
Повторение 2 указывает, что второй столбец также используется для цвета.