Один вариант: http://sourceforge.net/projects/jmule/ - активный, не lib, но я думаю, что пользовательский интерфейс может быть обрезан - однако для этого может потребоваться некоторое кодирование Java.
Другой вариант: использовать протокол mldonkey для управления mldonkeyэкземпляр http://mldonkey.sourceforge.net/GuiProtocol.
eDonkey2000 является проприетарным протоколом, и никто не хочет вкладывать в него средства, поэтому нет серьезных решений.
Легче найти реализации библиотеки BitTorrent, поскольку они используются и разрабатываются.также в коммерческом программном обеспечении для CDN.