В Visual Studio используйте шаблон мастера MSI Installer, чтобы добавить Installer в ваше решение.
Используя этот шаблон, вы можете настроить соответствующие папки (а также ключи реестра, ярлыки меню "Пуск" и т. Д.), Которые будут создаваться при развертывании проекта.
В Visual Studio 2008 этот шаблон находится в разделе ДругоеТипы проектов-> Настройка и развертывание-> Мастер установки.