Чтобы обновить это несколько для тех, кто может оказаться здесь. В Aptana V3.0.9 есть поддержка форматирования (через Window -> Preferences -> Aptana Studio -> Formatter) для HTML по мере вопроса (а также CSS, JavaScript, JSON, PHP, Ruby / ERB, XML).
Это можно применить, как и раньше, с помощью Ctrl-Shift-F