Что вы подразумеваете под «отношениями» в базе данных? Если вы просто имеете в виду ограничения внешнего ключа (т. Е. У вас есть значения внешнего ключа, но нет ограничений), то они не нужны для определения отношений в JPA, просто используйте значения внешнего ключа.
Если у вас просто есть плоская таблица, с которой они вообще ничего не связывают, то вы мало что можете сделать, вам нужны некоторые данные, относящиеся к таблицам. Если вы можете хотя бы создать новые таблицы, то вы можете использовать отношения JoinTable для связи таблиц.