каталог в файле: inbound-file-adapter должен быть чем-то, что может разрешаться в один каталог (экземпляр java.io.File). Там нет поддержки чтения из нескольких каталогов с одним адаптером, последний раз я проверял ...
Я бы попробовал изменить каталог на входящем и на исходящем на что-то вменяемое / хорошо известное, например, два каталога в / tmp - / tmp / a и / tmp / b. если это работает, то вы знаете, что ваша конфигурация нормальна, просто значения для каталогов являются сомнительными. Если вы используете Maven и STS / Eclipse или IntelliJ, легко вызвать класс реализации адаптера входящего канала и выполнить отладку (FileReadingMessageSource, IIRC).