Это зависит от события, к которому вы пытаетесь получить доступ. Если это событие Preview, и Window устанавливает e.Handled на true, вам нужно использовать метод, который Алекс предлагает, чтобы обойти обработку Window туннелирования. Если это пузырьковое событие (т.е. KeyDown), вам не нужно делать ничего особенного, так как пузырьковые события сначала попадают на обработчики дочерних элементов и поднимаются по визуальному дереву, поэтому обработчик Window не будет работать до тех пор, пока не будут выполнены ваши UC.
Единственное, с чем вам следует быть осторожным при использовании ключевых событий, это то, что событие будет подхвачено вашим UC в первую очередь, если фокус находится внутри или внутри него. Вам не нужно беспокоиться о таких вещах, как события мыши, поскольку они начинаются в определенном месте дерева.