почему вы не создаете сценарий для интерпретации оболочкой SQLite?
Выполнить sqlite my_db < script.txt
с содержанием scripts.txt
следующим:
CREATE TABLE foo(
col1 REAL,
col2 REAL,
[...] generate those lines with a decent text editor
);
.separator ;
.import 'my/csv/file.csv' foo
.q
Обратите внимание, что точечные команды оболочки SQLite доступны с использованием «.help». Импорт зачаточен и не будет работать, если у вас есть двойные кавычки (удалите их). Только, интерпретируется как разделитель, вы не можете избежать его. При необходимости вы можете использовать мультисимвольный разделитель.
Также убедитесь, что файл file.csv имеет кодировку UTF8.