Патель прав - вам нужно запустить Doxygen, затем какой-нибудь Latex для создания единого документа.
Для меня, используя Doxygen 1.7.3, кажется, что корневой файл для латексной сборки выглядит так:refman.tex ".
Doxygen также создает Makefile, поэтому, если у вас есть make (у меня в Win7 нет), вы можете просто набрать make
в каталоге латекса.
Я указываю свое приложение TeXnicCenter на refman.tex и строю таким образом.
Надеюсь, это поможет,
-Matt