Asp.Net AJAX был разработан для веб-форм Asp.Net, а не MVC. Он был разработан, чтобы делать много вещей, которые уже сделал jQuery. До того, как MS согласилась, что объединение jQuery с Asp.Net MVC было хорошей идеей, Asp.Net AJAX - это все, что у них было.
Asp.Net AJAX пытается реплицировать часть серверной среды в браузере клиента - вы можете увидеть это с MS-подобными пространствами имен JS. Он был разработан для веб-форм, когда все основывалось на модели постбэк.
Парадигма MVC пытается отделить и упростить аспекты веб-разработки, честно говоря, как работает HTTP. Asp.Net AJAX не совсем вписывается в это пространство из-за того, насколько плотно он был разработан с WebForms. Точно так же, как вы можете взломать , чтобы элементы управления WebForms работали в MVC (поскольку он все еще построен на ядре ASP.NET), вы также можете заставить Asp.Net AJAX работать в MVC - но реальная точка это:
jQuery и MVC (по замыслу и определению) предназначались друг для друга.
(надеюсь, мой ответ не слишком субъективен: D)