Я установил INCLUDE_REGULAR_EXPRESSIONS ("\ .h $"), потому что все заголовочные файлы моего проекта заканчиваются на .h. Поскольку Boost заканчивает свои заголовочные файлы с помощью .hpp, это исключает заголовочные файлы Boost. Это также помогает с Qt хотя бы частично, потому что Qt вообще не имеет суффиксов для публичных заголовочных файлов, но использует .h для внутренних включенных заголовочных файлов.
Однако исключение файлов заголовков Boost значительно улучшило производительность при проверке зависимостей заголовков