Метод Runtime.exec()
возвращает Process
, в котором есть методы для получения входных, выходных и ошибочных потоков вызванного процесса.
Мне интересно, как вам удалось каким-либо другим способом "передать байтовый массив в процесс".
Обратите внимание, что вам придется использовать несколько потоков для обработки ввода и вывода порожденного процесса, потому что он будет блокироваться, если вы попытаетесь "передать" много ввода без чтения какого-либо вывода.