Мой подход состоит в том, чтобы не использовать файлы XIB и создавать все объекты программным способом.
У меня есть файлы конфигурации plist, которые определяют объекты в приложении, вплоть до определения:
1)если приложение запускается с панели вкладок или нет, (если так, сколько элементов, их имен и на какие контроллеры представления они ссылаются), 2) контроллеры представления и контроллеры просмотра таблицы, 3) любые кнопки или изображения или текстовые поля в представлении каждого контроллера представления и т. д..
тогда каждая версия приложения может иметь разные файлы plist и связанные ресурсы.