Не проверено, но чтобы изменить ответ Хонга, я предполагаю на
data[data$V1 ==1,] <- c(1,'x','y')
Если это не разрешено, тогда замените кишки цикла Хонга for
на то же самое, то есть
data[data$V1==1,2:3] <- c('x','y')
(Спасибо комментарию Войцеха Собала за это улучшение)