Обычно папки в XCode не представляют реальные папки в вашей файловой системе.
Папка содержала определенные файлы? Можете ли вы проверить, присутствуют ли эти файлы в корне папки вашего проекта (через Finder)?
Если да, самый простой способ - просто создать новую папку и снова перетащить в нее файлы.