Я не нашел способа сделать это.Теперь, 8 месяцев спустя, я просто могу высказать вам, что я сделал вместо этого ...
Наше решение - управление dll-версией в БД.когда приложение должно проверять наличие обновлений clickonce, проверяется и версия в базе данных.
Главный недостаток в том, что мы должны поддерживать версии базы данных dll.