Да, есть тайм-аут PHP и может быть Apache тоже.
Лучше всего запустить скрипт из CLI PHP, чтобы он не истек.* Выполнение операции над 200 000+ URL звучит как слишком много.Вам следует подумать о том, чтобы разбить их на более мелкие задания для повышения производительности и, возможно, для спама.